El coro sorprende por su gran tamaño y su magnífica sillería. Ésta se compone de cuarenta y cinco sillas en la parte superior y treinta y cuatro en la parte inferior. Este conjunto de sillas en nogal es de estilo gótico flamígero.

Fue realizado por Martín Sánchez de Valladolid, quién realizó también la sillería de la Cartuja de Miraflores en Burgos.

Todos los tableros de los respaldos están cubiertos de trazados geométricos y de figuras de plantas o animales fantásticos, pero con tal variedad que no hay dos iguales. El símbolo de los Reyes Católicos, el yugo y las flechas, está también muy representado.